能源管理體系建立之后，是否能夠在企業順利運行非常重要，因此，企業應該抓住能源管理體系運行的核心要素，并采取積極行動，保證能源管理體系的正常運行。梳理文獻發現，體系的運行應該把握住以下五點：

　　第一，領導重視。作為企業高層管理者的戰略選擇，企業應該給予能源管理體系的實施高度的重視以及支持，這是體系建設和運行的基本前提。

　　第二，與其他管理文件建立良性互動。當前，在政府層面，我國還存在許多問題。首先，我國的法律及監管體系不健全，上下級監管職權不明。除了運用法律手段對企業進行監督外，我們應該調動整個社會，讓公民、法人或者其他組織對企業進行關于能源管理的評價。

　　第三，加強能源管理方面的培訓，提高全員參與程度。培訓是能源管理體系運行中過的重要一環，一方面，通過對相關工作人員進行管理知識和技能的培訓，提高管理者和工作人員的節能意識、技能熟練程度與工作效率，另一方面，培訓還能對體系運行過程中出現的問題進行詳細討論，并尋找出解決方案，促進體系的正常運行。

　　第四，重點用能環節控制。重點用能環節是能源管理體系發揮作用的重要環節，通過加強設備改造和節能技術引進，可以促進其工作效率提升，帶來更大的節能收益。

　　第五，加強過程監測、事后測量和及時評價。不同部門之間的人員應該做到及時溝通，保證信息通暢，并且要加強監督與測量，在最短時間內予以反饋，當實際的績效指標與設定的目標存在較大差距的時候，一定要采取必要的措施加以改善。